Vroege detectie van koprot door metingen genactiviteit
- 17 december 2018
Koprot aantasting bij uien vormt een groot kwaliteitsprobleem voor de export van Nederlandse uien. In Nederland wordt koprot voornamelijk veroorzaakt door de schimmels Botrytis aclada en Botrytis allii. Besmetting door deze schimmels vindt plaats in het veld, maar komt pas tot uiting in de bewaring. Binnen het Uireka-project wordt op verschillende vlakken onderzocht hoe de schimmels en ziekte het beste beheerst kunnen worden. Denk hierbij aan de validatie van verscheidene Beslissing Ondersteunende Systemen (BOS) die werken op basis van weersverwachtingen en het onderzoeken van het effect van drogen en bewaren op de ontwikkeling van koprot.
Op dit moment exporteert Nederland meer dan 90% van haar uien naar zo’n 130 landen. Alhoewel bepaalde maatregelen het risico op koprot kunnen verkleinen, zal het lastig blijven om koprot geheel te voorkomen. Om de leidinggevende positie te kunnen behouden en verder uit te bouwen, is het van essentieel belang dat de Hollandse ui van goede kwaliteit is. Om die kwaliteit te kunnen waarborgen met betrekking tot koprot, wordt binnen Uireka door NSure gewerkt aan de ontwikkeling van een moleculaire test die kan helpen bij het ondersteunen van beslissingen ten behoeve van de afzet.
In deze moleculaire test, zal niet de aanwezigheid van de schimmel gemeten worden, maar de reactie van de ui. Om genen uit ui te kunnen vinden die reageren ten gevolge van een koprot infectie, is gebruik gemaakt van een techniek genaamd RNA sequencing. Met behulp van deze revolutionaire methode, kunnen alle actieve genen in kaart gebracht worden en gekwantificeerd. Door verschillende partijen uien van verscheidene rassen en kwaliteit 1 maand na inschuring te vergelijken, zijn diverse potentiele koprot indicatoren geïdentificeerd. Deze genen zijn vervolgens in het seizoen van 2017 gevalideerd op monsters afkomstig van proefvelden.
Verdere validatie van de genen op monsters uit de praktijk is uitgesteld naar 2019, omdat in 2018 weinig tot geen koprot wordt verwacht. Correlatie van de moleculaire analyse met de visuele koprotbeoordelingen zal in 2019 uitwijzen of een betrouwbare test kan worden opgeleverd.
